Maandag 16 en dinsdag 17 januari verzorgden studenten van verschillende universiteiten biologie practica. Afgelopen september verzorgden studenten uit Wageningen practica voor 5Havo; dit maal waren 4 en 6VWO aan de beurt. Voor 5VWO is er begin juni een praktijkdag georganiseerd.
Op maandag bezocht het Reizende DNA-lab “Bioinformatica: leven in de computer” onze school. Twee studenten van de Radboud Universiteit Nijmegen verzorgden materiaal en uitvoering, onder toeziend oog van docent Carin Pietersma. Dinsdag bezochten twee studenten uit Leiden onze school met het Reizend DNA lab "Gezond of ziek: een vouwtje verkeerd" .
Bioinformatica: Databanken en 3D eiwitstructuren Tijdens dit practicum stapten de leerlingen in de wereld van CSI (crime-scene-investigators)! Ze vormden per koppel van twee leerlingen een onderzoeksteam dat een aantal verdachte eiwitten moest onderzoeken die zijn gevonden bij een moordzaak. Ze maakten hierbij kennis met de databanken met eiwitvolgordes en eiwitstructuren die onmisbaar zijn voor het genomics onderzoek. Daarna keken ze naar de 3D-structuur van het schuldige eiwit en naar mogelijke interacties van dat eiwit met een ligand. Ze konde zelf op het computerscherm met deze 3D structuur-experimenteren (roteren, inzoomen, kleuren etc.). Hiervoor wordt het programma Yasara gebruikt. Dit Reizend DNA-lab wordt verzorgd door de Radboud Universiteit Nijmegen namens het Netherlands Bioinformatics Centre (NBIC).
Een vouwtje verkeerd: Ons DNA bevat de gecodeerde informatie voor het maken van eiwitten, de complexe moleculen die verantwoordelijk zijn voor processen in de cel. Veranderingen (mutaties) in een bepaald gen zullen leiden tot veranderingen in het betreffende eiwit en dat kan mogelijk ziekte tot gevolg hebben. Voor het goed uitoefenen van zijn werk moet een eiwit zich op een specifieke wijze opvouwen. Mutaties kunnen dit vouwproces verstoren, waardoor verkeerd gevouwen eiwitten ontstaan. Ziekten als diabetes, cystische fibrose (taaislijmziekte) of de ziekte van Alzheimer worden veroorzaakt door verkeerd gevouwen eiwitten.
De leerlingen gingen in dit DNA-lab op zoek naar de moleculaire oorzaak van enkele eiwitvouwingsziekten. Ze maakten kennis met technieken om "gezonde" en "zieke" eiwitten in cellen op te sporen. Ook pasten de leerlingen zelf eenvoudige technieken toe die belangrijk zijn voor het bepalen van eiwitstructuren (vergelijkbaar met röntgendiffractie). Uiteindelijk deden ze een proef die aantoont dat verstoring van de eiwitstructuur leidt tot het verlies van de activiteit van het eiwit. Dit Reizend DNA-lab wordt verzorgd door de Universiteit Leiden namens het Centre for Medical Systems Biology.
Context: Deze practica behandelen een aantal moleculair-biologische vragen in samenhang met het ontstaan van ziekten. Leerlingen gaan dieper in op thema’s als erfelijkheid, eiwitten en DNA, waarbij vragen aan bod komen zoals de vraag waarom sommige mensen al ziek zijn als ze worden geboren terwijl anderen pas ziek worden op latere leeftijd. Ook maken ze kennis met de fundamentele biochemische aspecten van vouwing van eiwitten. Maatschappelijke implicaties van genetisch biomedisch onderzoek komen nadrukkelijk aan bod.
